Moderne Controller sind den alten Originalen deutlich im Vorteil, egal ob NES oder SNES *1. Daher würde ich aus der Perspektive die Emulation bevorzugen. Gibt aber wie immer Leute, die auf diesen "Nachteil" gerade stehen und das haben wollen. Da ist jeder anders.
Nachteil der Emulatoren ist häufig, dass die Entwickler scheinbar die alte Grafik nicht ertragen können und es daher so sehr vermatschen, bis es kaum noch pixelig, dafür aber sehr breiig wirkt. Ist nicht meins. Dann doch lieber das Original, oder einen guten Emulator nehmen, der den Weichzeichner-Schnickschnack nicht hat.
In Sachen Kompatibilität stehen NES-Emulatoren dem Original in nichts nach, beim SNES sieht das aber anders aus. Dafür ist das SNES viel zu komplex.
*1: Beim 3DS stimmt das aber nicht, wie ich feststellen musste. Das Steuerkreuz ist so schwammig (oder auch wohlwollend und neudeutsch "smooth"), dass eine präzise Steuerung sehr erschwert wird. Der Game Boy ist da viel grobschlächtiger konzipiert, weshalb ich aktuell auf dem Game Boy Color zocke, statt den Emulator auf dem 3DS zu verwenden.