Das "Wie" ist natürlich wieder eine andere Sache. Du könntest Kabel an den Anschlüssen anlöten und nach außen führen. Wenn du einen alten Lüfter hast, den du nicht mehr brauchst (weil eh zu laut oder so), schneide das Kabel vom Lüfter ab, steck es auf das Board und messe dann an den Kabelenden. Das wäre auch eine Möglichkeit. Du könntest auch am Laufwerk messen, nur wenn die 12 V dort fehlen, heißt das nicht, dass die generell fehlen, denn die müssen dort erst vom Board freigegeben werden.
Ja, mach einfach 10 Sekunden länger. Es könnte auch helfen das Board vorher recht gleichmäßig zu erhitzen. Am besten machst du es daher nach Methode 3. Dadurch ist das Temperaturgefälle auf dem Board nicht so groß, was die Lötstellen meist besser macht, weil die Lötstellen nicht bei einem verzogenen Board erstarren. Das Knacken ist aber normal.