Die Flussmittelpaste lässt sich schlechter entfernen. Kolophonium kannst du leicht wieder in Isopropanol lösen. Gerade bei BGAs (Reflow) ist das von Vorteil. Dann gibst du das Kolophonium darunter, machst den Reflow, kannst die Reste mit Isopropanol lösen und ausspülen und später frisches Kolophonium drunterkippen. Ist die Paste irgendwann "verbraucht", bekommst du die so nicht weg, da die sich kaum löst. Das geht nur mit Bürsten, aber da kommst du ja nicht dran, ohne den Chip zu entfernen. Weiterer Vorteil ist da, die Paste ist eben pastös, während das gelöste Kolophonium flüssig ist und unter den BGA fließen kann.
Inzwischen benutze ich da aber auch die Paste, denn wenn die warm ist, fließt die auch langsam drunter (erfordert etwas Übung) und wenn der Reflow nichts gebracht hat und das Flussmittel ausgetauscht werden müsste, entferne ich sowieso den Chip komplett, wodurch der Vorteil mit dem Reinigen wieder wegfällt.
Ich benutze das Kolophonium jedenfalls kaum noch, weil ich überall gelernt hab auch mit Paste zu arbeiten. Kolophonium setze ich vorallem dann ein, wenn ich unebene Stellen danach wieder reinigen will, denn das geht wie gesagt besser. In vielen Fällen ginge auch Kolophonium, aber von dem gelösten hab ich nicht so viel da, es ist nicht so schön zu verarbeiten, weil die Pipette bei mir immer wieder kaputt ist, die Flasche etwas klebt ... also eher triviale Gründe, nichts wirklich Technisches.